Los primeros pobladores fueron los baltos o aesti, entre cuyas tribus se incluían también los prusianos originales y los letones. Fueron una etnia de origen indoeuropeo única, fuertemente influidas por los germanos, pero también tuvieron lazos comerciales con el Imperio romano. Las primeras referencias conocidas sobre Lituania como nación (Litua) provienen de los anales del monasterio de Quedlinburg, fechados el 19 de febrero de 1009.
El territorio que actualmente corresponde a Lituania se remonta al siglo XIII como Estado medieval. Fue primero un gran ducado independiente. Se considera que la fecha de la constitución del primer Estado lituano fue la coronación oficial de Mindaugas, el 6 de julio de 1253 en Vilna, que unió a los duques lituanos rivales en un único Estado. Durante el siglo XIII el reino fue invadido varias veces por los reyes mongoles de la Horda de Oro. Los mongoles fueron derrotados en 1377 en «Aguas Azules». En 1385 se unió a Polonia tras la coronación como rey de Vladislao II Jogaila.
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En 1401 Vitautas, primo de Jogaila, se proclamó Gran Duque de Lituania y se disolvió la unión de los dos países. Gracias a la cooperación de ambos países, los ejércitos lituano y polaco vencieron a la Orden Teutónica en la batalla de Grunwald en 1410. Fue la mayor batalla en suelo europeo librada en todo el siglo XV.
Más tarde fue de nuevo anexionada a Polonia formando la República de las Dos Naciones en virtud de la unión dinástica de los dos estados en 1569, convirtiéndose así en el país más grande de Europa. Según el sistema de unión de los dos países, Lituania pudo conservar un auto-gobierno. Posteriormente fue incorporada a Rusia en 1795 bajo el reinado de Catalina II de Rusia, tras un proceso de desintegración que duró todo el siglo XVIII (particiones de Polonia).
A finales del siglo XVIII y hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial, Lituania recobró su autonomía, aunque siguió formando parte del Imperio ruso. La represión de los gobernantes rusos contra el pueblo y la cultura lituanas provocó dos grandes revueltas en 1836 y 1863. Tras el Levantamiento de Enero de 1863, fueron prohibidos los libros, periódicos y la enseñanza en general en idioma lituano durante los siguientes 40 años. Con el fin de ejercer un mayor control, las autoridades rusas sustituyeron el alfabeto latino del lituano por el alfabeto cirílico.
Durante la Primera Guerra Mundial, entre 1914 y 1918, Lituania estuvo ocupada por Alemania, declarando otra vez su independencia el 16 de febrero de 1918. Entre 1918 y 1921 libró una guerra contra la recién proclamada República de Polonia, que había intentado anexionarse el Estado Lituano. La guerra se saldó con la pérdida del 20 % del territorio lituano, con la capital Vilna incluida, por lo que la capital se trasladó provisionalmente a Kaunas.
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en junio de 1940 las tropas de la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas (URSS) ocuparon el país, y en agosto de ese año Lituania fue anexionada, convirtiéndose en la República Socialista Soviética de Lituania; pero desde 1941 y hasta 1944 la Alemania Nazi expulsó al Ejército Rojo, por lo que una parte de la sociedad lituana percibió a los alemanes como sus libertadores frente al imperialismo bolchevique. Tras la victoria militar del Ejército Rojo y las tropas aliadas, sobre el ejército nazi, Lituania pasó a formar parte de la Unión Soviética, tras haberse acordado en el tratado de Potsdam de 1945.
En 1988 se formó el Movimiento Lituano por la Sąjūdis, que triunfó en las elecciones de 1989 en el Seima lituano, todavía perteneciendo Lituania a la Unión Soviética. En 1990 Vytautas Landsbergis fue elegido presidente, proclamando la independencia de Lituania el 11 de marzo de 1990, apoyado por la llamada Revolución Cantada. Aunque esta independencia no fue reconocida internacionalmente hasta 1991.